En noviembre del 2019 los ciudadanos Gustavo Gallón Giraldo, Julián González Escallón, Juan Carlos Ospina y David Fernando Cruz presentaron ante la Corte Constitucional una acción pública de inconstitucionalidad de la Ley 1951 de 2019 por la cual crea el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación. Los demandantes alegaron dos cargos: 1. Que la iniciativa no había provenido del gobierno nacional como es requerido por la Constitución y 2. Que el Congreso de la República no incluyó dentro de la Ley la estructura orgánica del Ministerio.
Durante este año y casi cuatro meses se han manifestado en contra de los demandantes la Secretaría Jurídica de la Presidencia de la República, la Oficina Jurídica del MinCiencias, la Función Pública, el Senador Iván Darío Agudelo (creador del proyecto de ley que dio vida al MinCiencias), el Grupo Interdisciplinario de promoción del Desarrollo de la Competitividad – GRID, la Academia Colombiana de Ciencias, la Universidad Libre, la ESAP, el Politécnico Grancolombiano, el ciudadano Libardo Rodríguez Rodríguez y el Procurador General de la Nación. Los argumentos que presentaron quienes están a favor de declarar la constitucionalidad de la ley que creó el MinCiencias fueron los siguientes:
- Que aunque el proyecto de ley no fue presentado por el ejecutivo, sí tuvo su aval ya que la Ministra de Gobierno Nancy Patricia Gutiérrez se manifestó expresamente apoyando el proyecto de ley antes de que entrara al último debate de plenaria en el Senado. Sobre el particular, la Corte Constitucional ha considerado que, pese a que la Constitución establezca que hay temáticas de iniciativa del gobierno, sí este se manifiesta a favor del proyecto de ley, el requerimiento constitucional queda “avalado”. Por ello, los que defienden tal posición consideran que no existe mérito para ese cargo.
- Que la ley no estableció la “creación” de un nuevo ministerio sino la “fusión” o “transformación” de Colciencias que era un departamento administrativo. Para los defensores de esta posición, se trata simplemente de un nuevo nombre para una institución ya creada. Además, dado que departamento administrativo y ministerio tienen la misma categoría en la administración nacional, el requerimiento Constitucional no debía ser tan estricto.