A finales de los años 80 mantuvo una relación con el cantante Carlos Vives, convirtiéndose en una de las parejas más importantes de la farándula colombiana.
Se conocieron en las grabaciones de la novela ‘Gallito Ramirez’ en el que traspasó el amor ficticio a un amor de verdad.
Se casaron en 1988 y dos años después anunciaron su separación, una noticia que rompió el corazón de sus seguidores. En una entrevista Margarita, confiesa que prefirieron seguir su camino artístico aunque seguían profundamente enamorados.
Tras de estar una temporada en España donde realizó estudios de actuación, regresó a Colombia para continuar con su carrera artística en la que se tropezó con el comediante Jaime Garzon, con el que tuvo una relación sentimental efímera.
En el 2003 decidió darle una segunda oportunidad al amor casándose con el empresario Daniel Castello Mallarino, con el que duró menos de un año. Cuenta la actriz que fue una relación de bastantes altibajos, sin embargo, disfrutaron de su compañía.
