Más de 20 municipios de la Región Caribe han alertado sobre los riesgos del proyecto del Canal del Dique, señalando que la obra podría interferir en la búsqueda de desaparecidos. La Justicia Especial para la Paz (JEP) solicitó al Ministerio de Transporte, a la Agencia Nacional de Infraestructura, la Fiscalía, la Unidad de Búsqueda y el Instituto Colombiano de Antropología e Historia, realizar un plan específico para la problemática.
Según el borrador del Protocolo arqueológico-forense para el apoyo a la búsqueda de personas desaparecidas con enfoque diferencial, étnico y de género, el cual conoció en exclusiva Caracol radio, se han añadido algunas observaciones dentro del texto. Esos puntos empezarán a ser aplicados en un plazo de dos meses por parte de Ecosistemas del Dique S.A.S, concesionaria del proyecto arquitectónico.
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Se estableció que el documento funcionará como una hoja de ruta para que la Fiscalía y la Unidad de Búsqueda hagan las labores de exploración en las áreas donde puede haber desaparecidos. Ante cualquier descubrimiento o hallazgo, el concesionario deberá avisar a las autoridades encargadas para que se acerquen al lugar y así analizar con todas las garantías la posible evidencia.